متن پیام به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
شهادت دانشمند نخبه‌ی جوان، شهیدمصطفی احمدی روشن، اندوه دیگری بر دل دوستداران دانش و متعهدان به پیشرفت جمهوری اسلامی نهاد. ما همگی شریک غم پدر و مادر و همسر و فرزند این جوان مظلوم و برجسته و سرافرازیم.
این ترور بزدلانه که عاملان و طراحانش هرگز جرأت نخواهند کرد به جنایت کثیف و پلید خود اعتراف کنند و مسئولیت آن را بپذیرند مانند دیگر جنایات شبکه‌ی تروریزم بین‌الملل دولتی، با طراحی یا همراهی سرویس‌های سیا و موساد عمل شده و نشانه‌ی به بن‌‌بست رسیدنِ استکبار جهانی به سردستگی آمریکا و صهیونیزم، در مقابله با ملت مصمّم و مؤمن و پیشرونده‌ی ایران اسلامی است. آنها در این رفتار شنیع و قساوت‌آمیز نیز شکست خواهند خورد و به اغراض پلید و شریرانه‌ی خود دست نخواهند یافت. رشد شتابنده‌ی علمی و فتح قله‌های دانش که با همت و عزم جوانان مؤمن و غیور و توانائی چون مصطفای شهید رونق یافته، امروز قائم به هیچ فردی نیست، این یک جنبش تاریخی و برخاسته از یک عزم خلل‌ناپذیر ملی است. ما به کوری چشم سران اردوگاه استکبار و نظام سلطه، این راه را با قوت و اراده‌ی راسخ دنبال خواهیم کرد و پیشرفت رشک‌آور ملت بزرگ خود را به رخ دشمنان عنود و حسود خواهیم کشید، و البته از مجازات مرتکبان این جنایت و عاملان پشت صحنه‌ی آن هم هرگز چشم‌پوشی نخواهیم کرد.

اینجانب شهادت این عزیز را به والدین و همسر و فرزندش و به جامعه‌ی علمی و دانشگاهی کشور و به عموم دوستداران و متعهدان نهضت علمی فراگیر، تبریک و تسلیت میگویم و برای آنان صبر و سکینه‌ی الهی و برای شهید عزیزمان علو درجات اخروی را از خداوند متعال مسألت میکنم و یاد شهیدان علیمحمدی و شهریاری و رضائی‌نژاد را گرامی میدارم.

سیدعلی خامنه‌ای
22 دیماه 1390

هرگز نمیرد انکه دلش زنده شد به عشق
ثبت است بر جریده عالم دوام ما

به کوری چشم آمریکا،اسرائیل و انگلیس و برای زنده نگه داشتن یاد شهید مصطفی احمدی روشن و تمامی شهدای عرصه علمی به پای صندوق های رای خواهیم رفت و ثابت خواهیم کرد کلام همیشگی امام را که فرمودند: آمریکا هیچ غلطی نمی تواند بکند.

وعده دیدار: پای صندوق رای

رای ما: ولایت فقیه و سربلندی ایران اسلامی

دعای ما: فرج آقا امام زمان (ع) و سلامتی رهبر عزیزمان

شهادت معاون سایت هسته ای نطنز بسیجی شهید مصطفی احمدی روشن را به تمامی مردم شهید پرور کشور عزیزمان ایران و رهبر عزیزمان ولی امر مسلمین جهان امام خامنه ای تسلیت عرض می نماییم.